全論文リストとリンクはResearchmapにあります。
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https://scholar.google.co.jp/citations?hl=ja&user=LUF_HxQAAAAJ&view_op=list_works
■主要論文 (Selected Publications)
Kon T, Omori Y*, Fukuta K, Wada H, Watanabe M, Chen Z, Iwasaki M, Mishina T, Matsuzaki SS, Yoshihara D, Arakawa J, Kawakami K, Toyoda A, Burgess SM, Noguchi H, Furukawa T .
The genetic basis of morphological diversity in domesticated goldfish.
Current Biology 2020, 30, 1-15. *corresponding author
https://www.cell.com/current-biology/fulltext/S0960-9822(20)30548-0#secsectitle0300
様々な形態を持つキンギョ27品種の全ゲノムリシーケンス解析を行った論文です。デメキンの出目の表現型やロングテール、ランチュウの背ビレ欠損と関連する遺伝子座をGWAS（ゲノムワイド関連解析）によって見出しました。1400万年前に全ゲノム重複したキンギョの祖先種のサブゲノムの変化の度合いが異なる現象「非対称サブゲノム進化」が発見され、この現象とキンギョの多様性の関連が予想されます。Current Bilogy2020年6月22日号の表紙に関連の新潟のキンギョ「タマサバ」の写真が選ばれました。
Chen, Z.*, Omori, Y.*, Koren, S., Shirokiya, T., Kuroda, T., Miyamoto, A., Wada, H., Fujiyama, A., Toyoda, A., Zhang, S., Wolfsberg, T.G., Kawakami, K., Phillippy, A.M., Mullikin, J.C., and Burgess, S.M. (2018)
De Novo assembly of the goldfish (Carassius auratus) genome and the evolution of genes after whole genome duplication. ,
Science Advances 2019. 5(6):eaav0547.*equally contributed
https://advances.sciencemag.org/content/5/6/eaav0547
米国NIH、国立遺伝学研究所、愛知県水産試験場弥冨指導所等と共同でキンギョの全ゲノム解読を行いました。キンギョの祖先種で1400万年前に全ゲノム重複が起こったことが明らかとなりました。その後、倍加した遺伝子が進化する様子がわかってきました。脊椎動物の進化の中で起こった2回の全ゲノム重複に共通するメカニズムが存在すると予想されます。
Omori Y*, Kon T.
Goldfish: An old and new model system to study vertebrate development, evolution, and human disease.
J Biochem. 2019;165(3):209-218. doi: 10.1093/jb/mvy076 *corresponding author https://academic.oup.com/jb/article/165/3/209/5096931
キンギョゲノムの進化とキンギョの品種が持つ表現型の多様性に関する英文総説です。JBの表紙に採用していただきました。
Ueno A*, Omori Y*, Sugita Y, Watanabe S, Chaya T, Kozuka T, Kon T, Yoshida S, Matsushita K, Kuwahara R, Kajimura N, Okada Y, Furukawa T.
Lrit1, a Retinal Transmembrane Protein, Regulates Selective Synapse Formation in Cone Photoreceptor Cells and Visual Acuity.
Cell Rep. 2018 Mar 27;22(13):3548-3561. *equally contributed
Omori Y, Kubo S, Kon T, Furuhashi M, Narita H, Kominami T, Ueno A, Tsutsumi R, Chaya T, Yamamoto H, Suetake I, Ueno S, Koseki H, Nakagawa A, Furukawa T, Samd7 is a cell type-specific PRC1 component essential for establishing retinal rod photoreceptor identity,
Proc Natl Acad. Sci. USA 2017 114(39):E8264-E8273
Boubakri M, Chaya T, Hirata H, Kajimura N, Kuwahara R, Ueno A, Malicki J, Furukawa T, Omori Y.* Loss of ift122, a Retrograde IFT Complex Component, Leads to Slow,
Progressive Photoreceptor Degeneration Due to Inefficient Opsin Transport
J Biol Chem. 2016 ;291 (47):24465-24474 *corresponding author
Chaya T, Omori Y, Kuwahara R, Furukawa T, ICK is essential for cell type-specific ciliogenesis and the regulation of ciliary transport.
EMBO J 2014;33(11):1227-1242
Omori Y, Araki1 F, Chaya T, Kajimura N, Irie S, Terada K, Muranishi Y, Tsujii T, Ueno S, Koyasu T, Tamaki Y, Kondo M, Amano S, Furukawa T, Presynaptic dystroglycan-pikachurin complex regulates the proper synaptic connection between retinal photoreceptor and bipolar cells J Neurosci 2012; 32(18):6126-6137
Zhao C, Omori Y, Brodowska K, Kovach P, Malicki J. Kinesin-2 family in vertebrate ciliogenesis.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2012 109(7):2388-93
Omori Y, Chaya T, Katoh K, Kajimura N, Sato S, Muraoka K, Ueno S, Koyasu T, Kondo M, Furukawa T. Negative regulation of ciliary length by ciliary male germ cell-associated kinase (Mak) is required for retinal photoreceptor survival.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2010, 107(52):22671-6.
Sato S, Omori Y, Katoh K, Kondo M, Kanagawa M, Miyata M, Funabiki K,Koyasu T, Kajimura N, Miyoshi T, Sawai H, Kobayashi K, Tani A, Toda T, Usukura J, Tano Y, Fujikado T and Furukawa T, Pikachurin, a dystroglycan ligand, is essential for photoreceptor ribbon synapse formation.
Nature Neuroscience 2008, 11(8)923-931
Omori Y, Zhao C, Saras A, Mukhopadhyay S, Kim W, Furukawa T, Sengupta P, Veraksa A, Malicki J. Elipsa is an early determinant of ciliogenesis that links the IFT particle to membrane-associated small GTPase Rab8.
Nature Cell Biology. 2008 Apr;10(4):437-44.
Tsujikawa M, Omori Y, Biyanwila J, Malicki J. Mechanism of positioning the cell nucleus in vertebrate photoreceptors.
Proc Natl Acad Sci U S A. 2007 Sep 11;104(37):14819-14824.
Omori Y, Malicki J. oko meduzy and related crumbs genes are determinants of apical cell features in the vertebrate embryo.
Current Biology. 2006 16 (10):945-957.
Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T….., Ohmori Y, …., Nakamura Y, Ohara O, Isogai T, Sugano S. Complete sequencing and characterization of 21,243 full-length human cDNAs.
Nature Genetics. 2004 36 (1) :40-45.
Omori Y, Imai J, Watanabe M, Komatsu T, Suzuki Y, Kataoka K, Watanabe S, Tanigami A, Sugano S. CREB-H: a novel mammalian transcription factor belonging to the CREB/ATF family and functioning via the box-B element with a liver-specific expression.
Nucleic Acids Res. 2001 29(10):2154-2162.
Omori Y, Kyushiki H, Takeda S, Suzuki M, Kawai A, Fujiwara T, Takahashi E, Nakamura Y. Cloning, expression and mapping of a novel human zinc-finger gene TCF17 homologous to rodent Kid1.
Cytogenet Cell Genet. 1997 78(3-4):285-288.
■総説・解説
全総説リストとリンクはResearchmap のMISCにあります。
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生命科学を拓く新しい実験動物モデル キンギョの多様な表現型と全ゲノム重複 疾患モデル動物としての展開
大森 義裕
生体の科学 2020年2月、71(1) 68 - 73
茶屋太郎、大森義裕、古川貴久、「繊毛局在キナーゼICKは細胞種特異的な繊毛形成と繊毛内輸送の制御に必須である」
実験医学 2014,10月号 32（16）2612-2615
渡邉哲史、大森義裕、古川貴久、「網膜の発生研究と再生医療への応用」
生体の科学2014 65(3)220-225
大森義裕、細胞工学「一枚の写真館-ニューロンに生える繊毛：細胞のアンテナとしての機能」2012, 4月号31(4) pp399
大森義裕、古川貴久 「繊毛キナーゼMakと微小管結合タンパク質RP1による繊毛の長さ調節機構」 細胞工学 2011, 30(5) 5月号536-537
加藤君子、荒木章之、大森義裕、古川貴久、「網膜視細胞の機能構築」実験医学、2011, 29(4), 3月号, 514-520
大森義裕 「思い出の論文 第6回–留学は研究ジャンルを変える最後のチャンス！？」細胞工学 2010, 29(6) 606-607
大森義裕、古川貴久、「網膜の視細胞における繊毛タンパク質の輸送機構と疾患」細胞工学2009, 28, 10月号, 1036-41
加藤君子、大森義裕、古川貴久、「シナプスの高次構造をかたちづくる細胞外マトリックス蛋白質ピカチュリン」蛋白質核酸酵素2009, 54, 7月号,1166-1172
荒木章之、大森義裕、古川貴久「網膜視細胞シナプス形成に関わる細胞外マトリックスタンパク質ピカチュリン」日本薬理学雑誌 2009, 134(4), pp236
大森義裕、古川貴久、「繊毛におけるタンパク質輸送機構とRab GTPaseのつながり」実験医学 2008, 26, 7月号,1744-1747
大森義裕、 「膜結合型転写因子とアミロイド前駆体タンパク質のRipを介した転写制御」、化学と生物 2004, 42、5月号, 282-284
大森義裕 化学と生物 2004年、8月号pp537、9月号 pp584、10月号pp673、、11月号pp747、12月号, pp806、連載「初めての投稿論文１～5」
大森義裕、菅野純夫、 「完全長cDNAライブラリーの作製」腎と透析 増刊 分子腎臓病学、1998, 56-61
■TVでの紹介
2019年7月2日 NHKおはよう関西 「キンギョの全遺伝情報を解読」
■新聞記事
2019年7月13日 読売新聞夕刊
「金魚いろいろゲノムに秘密、1400万年前に倍増 進化の原動力」
2019年7月2日 朝日新聞夕刊
「金魚 七変化に秘密あり、遺伝子数、突出の7万個 なお進行中？」
2019年7月1日 日本経済新聞朝刊
「金魚のゲノム解読、脊椎動物の謎に光」
2019年6月28日 毎日新聞夕刊
「キンギョ多少多様の源、1400万年前に全ゲノム重複」
2019年6月27日 産経新聞夕刊
「キンギョのゲノム（全遺伝情報）解読に初めて成功」
2019年6月27日 日刊工業新聞
「キンギョ遺伝情報解読、脊椎動物の進化解明へ」
2014年5月6日 日経新聞朝刊
「細胞の「繊毛」輸送機構を解明-大阪大学」
2008年3月24日 日経新聞朝刊
「細胞アンテナで働くたんぱく質-大阪バイオ研が発見」
2008年4月13日 毎日新聞朝刊
「繊毛の形成に必要なたんぱく-日米共同チーム発見」
2008年4月7日 産経新聞朝刊
「繊毛異常の原因解明-網膜や腎臓の治療に手がかり」
2008年8月31日 毎日新聞朝刊
「脳への光伝達で役割ピカチュリン発見-大阪バイオ研」